Genetik Soy Testi
- gazigenmet
- 3 Mar 2021
- 4 dakikada okunur
Genetik Kökeninizi Aydınlatmanın Bir Yolu: “Genetik Soy Testi”
Bu yazı Dr.Serdar KULA danışmanlığında hazırlanmıştır.
Genetik Soy Testi nedir ve neden bu kadar önemli?
Bir kişinin yakın zamandaki atalarının coğrafi kökenlerini tahmin etmek için genetik verilerin kullanıldığı genetik soy testi, son zamanlarda hızla popülerlik kazanmıştır. 2019 yılında yapılan bir tahmine göre dünya çapında 26 milyondan fazla insanın genetik soy testi yaptırdığı belirtilmiştir.
(1) Bu testler, bireyin atalarının kökleri hakkında bilgi sağlamaktadır. Bazen kişilerin dördüncü veya beşinci kuzenler kadar uzaktan akrabalarıyla bağlantı kurmasına yardımcı olabilir. Bu sayede, özellikle evlat edinilen ya da zorunlu göçmen soyundan gelen birçok kişi, genetik soy testinden büyük ölçüde faydalanabilir. Tartışmasız bir şekilde genetik soy testi, suçlu şüphelilerin belirlenmesinde ve toplumdan dışlanmasında yardımcı olmak için asıl amacının ötesinde de kullanılmaktadır. (2) Ayrıca kişiler, genetik soy testini doktoruyla da paylaşarak ileride faydalanacağı sağlık hizmeti konusunda da bilgilenebilir.
Bu testlerin nasıl yapıldığına bir göz atalım.
Genetik soy testi; bir bireyde ölçülen çok sayıda DNA varyantının (en yaygın DNA/RNA nükleotid dizisindeki bir değişiklik), dünyanın dört bir yanından örneklenen referans popülasyonlardaki DNA varyantların frekansları (sıklıkları) ile karşılaştırılmasıyla yapılmaktadır. Tek bir varyantın en yüksek frekansa sahip olduğu coğrafi bölge, testi yaptıran kişinin soyunun en olası konumu varsayılmaktadır. Soy testi, geleneksel olarak iki farklı şekilde gerçekleştirilmektedir. İlki yalnızca dişiler tarafından iletilen ve 1 anne atasının kökenini yansıtan mitokondriyal DNA’nın takibidir. İkincisi ise yalnızca babadan oğula iletilen ve 1 babanın atasının kökenini yansıtan Y kromozom DNA’sının takibidir. Daha kapsamlı bir test ise her iki ebeveynden alınan yarım milyon ya da daha fazla otozomal varyantın (tek nükleotid varyantları [SNV’ler]; tek nükleotid polimorfizmleri [SNP’ler]) tahlil edilmesiyle yapılmaktadır. En yaygın yöntem olarak, SNV’ler DNA mikro dizisi kullanılarak test edilmektedir. Otozomal test için, bir kromozom parçası içinde yer alan SNV grubunun en olası coğrafi kökenini tasvir etmek yaygındır. Şekil-2’ de gösterilen soy boyama, bu duruma örnek olarak verilebilir. Her coğrafi bölgeden kaynaklanan SNV’lerin yüzdesi sayılarak, bir bireyin her coğrafi bölgeden türetilen soyunun yüzdesi tahmin edilebilmektedir. (3) Şekil-1’de günümüzde dünyanın farklı yerlerindeki insanların genetik soy testini yapması için izlenen yöntem özetlenmiştir.
https://www.23andme.com/en-int/howitworks/ Şekil-1: Genetik soy testi aşamaları gösterilmektedir. Üç aşamada test kolaylıkla yapılmaktadır. Öncelikle online olarak sipariş verilen test 3-5 gün içerisinde ulaşmaktadır. İkinci olarak, test yaptıracak kişi, kitteki talimat kısmını okuyarak tükürüğünü tükürük toplama tüpünde toplar. Ardından tüp üzerindeki barkod numarası ile sisteme kaydolur. Böylece , kişinin testi yaptığı anlaşılabilmektedir. Son olarak, 6-8 hafta içinde kişiye soy bilgisi mail yoluyla gönderilir.
Coğrafi bölgeler, çok geniş bir şekilde (örneğin, Batı Asya, Güney Avrupa) veya tek tek ülkelerdeki bölgeler kadar detaylı bir şekilde tanımlanabilmektedir. Ülkelerin tek tek tanımlanabilme durumunda doğruluğun azalması muhtemeldir. Bundan dolayı bu tip durumlarda; kullanıcının soy tahminindeki belirsizlik derecesi, doğruluğun azalmasına göre ayarlanmaktadır. Doğruluk durumu; referans popülasyonların seçiminden, SNV’lerin belirlenmesinden ve SNV sayısından büyük ölçüde etkilenmektedir. Bu sebepten ötürü farklı kuruluşlar aynı DNA örneği için farklı soy testi analizi yapabilmektedir. (4) Dahası, birçok insan popülasyonu tarih boyunca önemli ölçüde farklı bölgelere göç etmiştir. Bu nedenle, günümüz örnekleri, geçmişte bir bölge sakinlerinin bir bölgeden başka bir bölgeye göç edip etmediği ile ilgili bilgileri yansıtmaktadır. “Soy” terimi bile coğrafi, tarihi, kültürel ya da dini gibi çeşitli yorumlara tabi tutulmaktadır. Bu nedenlerden dolayı, bir kişinin genetik soyunun çıkarılması ve yorumlanmasında hataya veya belirsizliğe büyük bir yer vardır.
https://eu.customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/204699620-Ancestry-Composition-The-Basics Şekil-2: Soy boyama örneği. 22 otomozal ve 1 cinsiyet kromozom tahlil edilmiştir. Kromozomlar üzerindeki renkler farklı coğrafi bölgeleri temsil etmektedir. Bir kromozom üzerindeki coğrafi bölgenin frekansı ne kadar fazla ise test yaptıran kişinin soyunun o coğrafyadan geldiği düşünülmektedir.
Şimdi de, Genetik Soy Testi ile ilgili önemli klinik durumlara bakalım.
Bir kişinin soy bilgisi önemli olabilir, çünkü genetik risk varyantlarının frekansları soydan soya değişmektedir. Ancak bu tür risk varyantlarının çoğu, doğrudan genetik soy testleri ile değerlendirilmez. Bununla birlikte, meme kanseri ve Alzheimer hastalığı gibi durumlarla ilişkili sınırlı sayıda DNA varyantının doğrudan test edilebildiği sağlık raporları da oluşturulabilmektedir. Aynı zamanda kistik fibröz gibi daha nadir görülen genetiksel hastalıklarda da raporlar yazılmaktadır.
Sağlık ve hastalıkla ilgili çoğu genetik araştırma çalışmasında; soy bilgisi, ırk kategorilerinin yerini almıştır. Genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında yaygın hastalıklar için genetik risk faktörlerini tespit etmek için yapılan istatistiksel çalışmaların gücünü, genetik soy testleri arttırabilir. Çünkü kişiler arasındaki “bağ”ın doğruluğu, bu testlerle daha kesin olarak saptanmaya başlamıştır. (5) Çoğunlukla bu tür risk faktörleri soydan soya değişir ve birden fazla DNA varyantı (yani poligenik risk skoru -fenotipi birden fazla genden etkilenen özellik- [Şekil-3’te anlatılmıştır].) arasında hastalık riski, soylar arasındaki farklılıklara oldukça duyarlı görünmektedir. (6) Buna göre, poligenik risk puanlarının* klinik açıdan yararı belirlenirse; soy bilgisi, riskin doğru yorumlanması için önemli olabilir.
*Poligenik risk puanı hakkında bilgi için https://en.wikipedia.org/wiki/Polygenic_score adresini ziyaret edebilirsiniz.
https://encyclopedia.pub/2339 Şekil-3: Genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS). GWAS, araştırma altındaki bir popülasyonda yaygın olan hastalıkların, genetik risk faktörlerini tespit etmek için insan genomu boyunca DNA dizilerindeki farklılıkların veya varyasyonların analiz edildiği çalışmadır. GWAS’ın esas amacı, hastalığa yatkınlığın biyolojik temelini tanımlamak için genetik risk faktörlerini kullanarak, hastalık riskini veya hastalığın ilerlemesini tahmin etmektir. Bu aynı zamanda yenilikçi ve önleyici tedavi stratejilerinin geliştirilmesine de olanak tanımaktadır.
Ayrıca, genetik çalışmaların büyük çoğunluğu Avrupa popülasyonlarında yapıldığı için, nadir varyantların hastalık faktörünü, ağırlıklı olarak Avrupa kökenli olmayan kişilerde değerlendirmek daha zordur. Böylece soy bilgisi, genetik testlerin yanlış yorumlanmasını önlemeye yardımcı olabilir.
Son olarak Genetik Soy Testinin “Değeri”
Soy bilgisi, hem klinik hem de araştırma ortamlarında yorumlayıcı değere sahiptir. Bir hastanın genetik bilgisi hakkında ırk veya etnik köken gibi geniş kategorilerden daha doğru ve kişiselleştirilmiş bilgiler sağlamaktadır. Örneğin, tekrarlayan solunum yolu enfeksiyonları olan Afro-Amerikan bir hastada soy testi, CFTR geninin her iki kopyasının Avrupa menşeli bir kökene dayandığını ortaya çıkarabilir ve bu da göreceli olarak kistik fibroz tanısı olasılığını artırabilir. Bundan dolayı bu testlere talep son zamanlarda hızla artmaktadır. Bu artan talepler, kişileri fiyat konusunda merak içinde bırakmaktadır. Test fiyatları ülkeden ülkeye ve kurumdan kuruma değişiklik göstermektedir.Online olarak test hizmeti sunan şirketler de bulunmaktadır. Şekil-4’te “23andMe” şirketinin online sitesi gösterilmiştir. Son olarak bu testler için yetkilendirilmiş kuruluşların test için seçilmesinin önemine vurgu yapmamız yerinde olacaktır. Genetik testler birey ve toplumlar için potansiyel riskler barındıracağı için bu testlerin yetkilendirilmemiş kurumlarca yapılması ciddi tehlikeleri de beraberinde getirebilir.
https://www.23andme.com/en-int/howitworks/ Şekil-4: Genetik soy testi kitinde bir tükürük toplama tüpü ve tüpü geri postalamak için gereken belge bulunmaktadır.
YAZAR: Tuluğhan ÇİVİOĞLU
DÜZENLEYENLER:
Karen Özülkü
Tuhan Oruk
Busenur Yılmaz
Aybike Kır
KAYNAKÇA:
Phillips C. Forensic genetic analysis of bio-geographical ancestry. Forensic Sci Int Genet. 2015;18:49-65. doi:10.1016/j.fsigen.2015.05.012
Callaway E. Ancestry testing goes for pinpoint accuracy. Nature. 2012;486(7401):17. doi:10.1038/486017a
Huml AM, Sullivan C, Figueroa M, Scott K, Sehgal AR. Consistency of direct-to-consumer genetic testing results among identical twins. Am J Med. 2019;133(1):143-146.e2. doi:10.1016/j.amjmed.2019.04.052
Guo X, Rotter JI. Genome-wide association studies. JAMA, 2019;322(17):1705-1706. doi:10.1001/jama.2019.16479
Sugrue LP, Desikan RS. What are polygenic scores and why are they important? JAMA. 2019; 321(18):1820-1821. doi:10.1001/jama.2019.3893
Comments